พื้นที่เขตบางคอแหลมเดิมขึ้นอยู่กับอำเภอบ้านทะวาย จังหวัดพระนคร ต่อมาอำเภอนี้เปลี่ยนชื่อเป็นอำเภอยานนาวาและเขตยานนาวา กรุงเทพมหานครในสมัยต่อมา

ภายหลังพื้นที่เขตยานนาวามีความเจริญและมีประชากรหนาแน่นขึ้น รวมทั้งพื้นที่บางแห่งอยู่ไกลจากสำนักงานเขต ในวันที่ 18 เมษายน พ.ศ. 2532 กรุงเทพมหานครจึงได้จัดตั้งสำนักงานเขตยานนาวา สาขา 2 (แขวงบางคอแหลม) ดูแลพื้นที่เขตยานนาวา 3 แขวง คือ แขวงบางคอแหลม แขวงวัดพระยาไกร และแขวงบางโคล่ และต่อมาได้แยกเขตปกครองออกมาเป็น เขตบางคอแหลม เมื่อวันที่ 9 พฤศจิกายน พ.ศ. 2532 ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย

ที่ตั้งและอาณาเขต

ตั้งอยู่บริเวณฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยาหรือฝั่งพระนคร มีอาณาเขตติดต่อกับพื้นที่การปกครองต่าง ๆ เรียงตามเข็มนาฬิกา ดังนี้

ทิศเหนือ ติดต่อกับเขตสาทร มีคลองกรวย คูน้ำข้างซอยจันทน์ 34/2 (มิตรสามัคคี) และซอยจันทน์ 49 ซอยเจริญราษฎร์ 8 (อยู่ดี) ซอยเจริญราษฎร์ 5 (อยู่ดี) ซอยจันทน์ 43 แยก 14 (อยู่ดี) ซอยจันทน์ 43 (วัดไผ่เงิน) ซอยจันทน์ 43 แยก 33 และซอยสาธุประดิษฐ์ 12 (ทวีสิทธิ์) เป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันออก ติดต่อกับเขตยานนาวา มีถนนสาธุประดิษฐ์ ถนนรัชดาภิเษก และคลองบางมะนาวเป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศใต้ ติดต่อกับเขตราษฎร์บูรณะ มีแนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยาเป็นเส้นแบ่งเขต
ทิศตะวันตก ติดต่อกับเขตธนบุรีและเขตคลองสาน มีแนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยาเป็นเส้นแบ่งเขต